La Japigia (l'antica Puglia), popolata in origine da genti sia illiriche che greche, comprendeva anticamente i territori della Daunia (Puglia settentrionale) Peucezia (Puglia centrale) e la Messapia (antico Salento).
I Dauni svilupparono una ricca cultura peculiare, non priva però di contatti con altre popolazioni vicine sia greche che indigene, seppur mantenne una sua precisa "indipendenza" culturale. Tra i reperti più significativi di questa civiltà spiccano senz'altro le famose steli daunie, blocchi lapidei scolpiti risalenti al VI secolo a.C., trovate nella piana sud di Siponto, presso Manfredonia, e oggi conservate nel Museo nazionale di quella città. Rappresentano figure umane maschili e femminili fortemente stilizzate ed erano infisse verticalmente nel terreno, in corrispondenza delle sepolture di coloro che raffiguravano. I principali centri dauni erano Tiati (San Paolo di Civitate), Casone (San Severo), Lucera, Merinum (Vieste), Monte Saraceno (Mattinata), Siponto, Coppa Nevigata, Cupola, Salapia (agro di Cerignola), Arpi (Foggia), Aecae (Troia), Vibinum (Bovino), Castelluccio dei Sauri, Herdonia (Ordona), Ausculum (Ascoli Satriano), Ripalta (Cerignola), Canosa, Melfi, Lavello e Venosa.
I Peuceti, abitavano il territorio che occupava la parte centrale dell'Apulia, corrispondente più o meno all'attuale provincia di Bari. In questo periodo però l'attuale capoluogo pugliese non era una città molto importante, a differenza delle fiorenti città di Canosa, Silvium (Gravina), Ruvo di Puglia, Bitonto, Azetium (Rutigliano), Norba e Trani.
La penisola salentina, dai greci anticamente chiamata Messapia (Terra fra due mari), era abitata dai Messapi, popolazione di origine illirica o egeo-anatolica. Le città principali, oggi ricordate come dodecapoli messapica per assimilazione con la dodecapoli etrusca, erano in realtà almeno 13: Alytia (Alezio), Ozan (Ugento), Brention/Brentesion (Brindisi), Hyretum/Veretum (Vereto), Hodrum/Idruntum (Otranto), Kaìlia (Ceglie Messapica), Manduria, Mesania (Mesagne), Neriton (Nardò), Orra (Oria), Cavallino, Thuria Sallentina (Roca Vecchia) e, ai limiti settentrionali della penisola, l'importante città di Egnazia.
Capitolo a parte per Taranto, importantissimo porto della Magna Grecia, la cui fondazione è datata tradizionalmente 706 a.C. in seguito al trasferimento di alcuni coloni Spartani in questa zona per necessità di espansione o per questioni commerciali. Taras aveva importanti mire espansionistiche: lunga fu la rivalità fra le popolazioni messapiche e tarantine, narrata anche da Erodoto, quando raccontò dello sterminio degli eserciti di Tarentini e Reggini avvenuto nel 473 a.C. ad opera dell'alleanza stipulata tra Messapi e Lucani. Nel V secolo a.C. Taras si allineò alla politica di Sparta, e visse il periodo di maggiore floridezza durante il governo settennale di Archita, che segnò l'apice dello sviluppo ed il riconoscimento di una superiorità politica sulle altre colonie dell'Italia meridionale. Risale a quel periodo l'occupazione dell'isola su cui sorgerà la futura Gallipoli: i Tarantini ne fecero uno scalo commerciale. Dal 343 a.C. al 338 a.C. i Tarantini si scontrarono con i Messapi, rimediando una sconfitta che culminerà con la morte del Re spartano Archidamo III, accorso in aiuto della città magno-greca.