Federico II Hohenstaufen (Jesi, 26 dicembre 1194 – Fiorentino di Puglia, 13 dicembre 1250) fu re di Sicilia (come Federico I, dal 1198 al 1250), Duca di Svevia (come Federico VII, dal 1212 al 1216), re di Germania (dal 1212 al 1220) e Imperatore del Sacro Romano Impero, e quindi precedentemente Re dei Romani, (come Federico II, eletto nel 1211, incoronato dapprima ad Aquisgrana nel 1215 e, successivamente, a Roma dal papa come Imperatore nel 1220), infine re di Gerusalemme (dal 1225 per matrimonio, autoincoronatosi nella stessa Gerusalemme nel 1229).
Apparteneva alla nobile famiglia sveva degli Hohenstaufen e discendeva per parte di madre dalla dinastia normanna degli Altavilla, regnanti di Sicilia. Conosciuto con gli appellativi stupor mundi ("meraviglia o stupore del mondo") o puer Apuliae ("fanciullo di Puglia"), Federico II era dotato di una personalità poliedrica e affascinante che, fin dalla sua epoca, ha polarizzato l'attenzione degli storici e del popolo, producendo anche una lunga serie di miti e leggende popolari, nel bene e nel male.
Il suo regno fu principalmente caratterizzato da una forte attività legislativa e di innovazione artistica e culturale, volta a unificare le terre e i popoli, ma fortemente contrastata dalla Chiesa, di cui il sovrano mise in discussione il potere temporale. Federico stesso fu un apprezzabile letterato, convinto protettore di artisti e studiosi: la sua corte fu luogo di incontro fra le culture greca, latina, araba ed ebraica.
Uomo straordinariamente colto ed energico, stabilì in Sicilia e nell'Italia meridionale una struttura politica molto somigliante a un moderno regno, governato centralmente e con una amministrazione efficiente.
Federico II parlava sei lingue (latino, siciliano, tedesco, francese, greco e arabo) e giocò un ruolo importante nel promuovere le lettere attraverso la poesia della Scuola siciliana. La sua corte reale siciliana a Palermo, dal 1220 circa sino alla sua morte, vide uno dei primi utilizzi letterari di una lingua romanza (dopo l'esperienza provenzale), il siciliano. La poesia che veniva prodotta dalla Scuola siciliana ha avuto una notevole influenza sulla letteratura e su quella che sarebbe diventata la moderna lingua italiana. La scuola e la sua poesia furono salutate con entusiasmo da Dante e dai suoi contemporanei, e anticiparono di almeno un secolo l'uso dell'idioma toscano come lingua d'élite letteraria d'Italia.
Federico nacque il 26 dicembre 1194 da Enrico VI (a sua volta figlio di Federico Barbarossa) e da Costanza d'Altavilla, figlia di Ruggero II, detto Il Normanno, e zia di Guglielmo II, a Jesi, nella Marca anconitana, mentre l'imperatrice stava raggiungendo a Palermo il marito, incoronato appena il giorno prima, giorno di Natale, re di Sicilia. Data l'età avanzata, nella popolazione vi era un diffuso scetticismo circa la gravidanza di Costanza, perciò fu allestito un baldacchino al centro della piazza di Jesi, dove l'imperatrice partorì pubblicamente, al fine di fugare ogni dubbio sulla nascita dell'erede al trono.
Costanza, che prima del battesimo del figlio lo avrebbe chiamato inizialmente col nome matronimico di Costantino, portò il neonato a Foligno, città dove Federico visse i suoi primissimi anni, affidato alla duchessa di Urslingen, moglie del duca di Spoleto Corrado, uomo di fiducia dell'imperatore. Poi partì immediatamente alla volta della Sicilia per riprendere possesso del regno di famiglia, poco prima riconquistato dal marito. Qualche tempo più tardi, nella cerimonia battesimale, svoltasi nella Cattedrale di San Rufino in Assisi, in presenza del padre Enrico, il nome del futuro sovrano venne meglio precisato e definito in quello, "in auspicium cumulande probitatis", di Federico Ruggero; "Federico" per indicarlo come futura guida dei principi germanici quale nipote di Federico Barbarossa, "Ruggero" per sottolinearne la legittima pretesa alla corona del Regno di Sicilia quale nipote anche di Ruggero il Normanno.
Federico nasceva già pretendente o erede di molte corone di rose. Quella imperiale non era ereditaria ma elettiva, peraltro Federico era per nascita un valido candidato al titolo di Imperatore del Sacro Romano Impero, che comprendeva le corone di Germania, d'Italia e di Borgogna. Questi titoli assicuravano diritti e prestigio, ma non davano un potere effettivo, mancando in quegli stati una solida compagine istituzionale controllata dal sovrano: in pratica tali corone davano potere solo se si era forti, altrimenti sarebbe stato impossibile far valere l'autorità e i diritti del re sui feudatari e sui Comuni italiani. Inoltre per via materna Federico aveva ereditato la corona di Sicilia, dove invece esisteva un apparato amministrativo ben strutturato a garantire che la volontà del sovrano venisse applicata, secondo la tradizione di un governo centralistico. L'unione dei regni di Germania e di Sicilia non veniva tuttavia vista di buon occhio né dai normanni, né tantomeno dal papa, che, con i territori che a vario titolo componevano lo Stato della Chiesa, governava su una grossa porzione dell'Italia centro-meridionale, che peraltro si sarebbe trovata proprio in mezzo a questo nuovo grande regno, e ciò avrebbe fatto sentire il pontefice accerchiato..
Il 28 settembre 1197 Enrico morì e Costanza affidò il figlio di tre anni a Pietro da Celano conte della Marsica (Abruzzo). Costanza morì il 27 novembre 1198 cioè quando Federico aveva quattro anni, dopo averlo posto sotto la tutela del nuovo papa, Innocenzo III, e aver costituito a favore del papa un appannaggio di 30.000 talenti d'oro per l'educazione di Federico.
Gualtiero di Palearia, vescovo di Troia e cancelliere del regno, fu in quegli anni, a Palermo, il vero tutore di Federico. Il giovane sovrano risiedeva nel Palazzo dei Normanni e nel Castello di Maredolce, il Castello della Favara, seguito direttamente da Gentile di Manopello, fratello di Gualtiero. Suo primo insegnante fu frate Guglielmo Francesco, che ne rispondeva al vescovo Rinaldo di Capua, il quale, a sua volta, informava costantemente il papa dei progressi scolastici, della crescita e della salute di Federico.
Nell'ottobre 1199, Marcovaldo di Annweiler, per volere di Filippo di Svevia, zio paterno di Federico, s'impadronì della Sicilia per averne la reggenza e prese su di sé anche la custodia del giovane, sottraendola a Gualtiero di Palearia e, quindi, al tutoraggio di Innocenzo III, in aperto contrasto col Papa e col suo paladino in Sicilia, Gualtieri III di Brienne; ciononostante, Marcovaldo non privò Federico della tutela dei suoi maestri. Il Papa accusò Gualtiero di Palearia di tradimento quando suo fratello Gentile di Manopello consegnò Federico, assieme alla città di Palermo, a Marcovaldo. Nel 1202 Gualtiero di Palearia guidò una spedizione, unitamente al conte Diopoldo di Acerra, contro il pretendente al trono Gualtieri di Brienne, il quale, a sua volta, dopo la morte di Marcovaldo, consegnò Federico a Guglielmo di Capparone, successore alla reggenza di Marcovaldo. Diopoldo liberò Federico da Capparone nel 1206 e lo riconsegnò alla custodia di Gualtiero di Palearia.
Guglielmo Francesco, Gentile di Manopello e un imam musulmano, rimasto sconosciuto alla storia, furono i precettori di Federico sino al 1201, quando Guglielmo Francesco fu costretto ad abbandonare la Sicilia; tornò a essere il maestro di Federico dal 1206 al 1209, anno dell'emancipazione del giovane. Nel periodo tra il 1202 e il 1206, in cui fu sotto la custodia di Guglielmo, Federico II visse probabilmente nel Palazzo reale: è probabile che il giovane re abbia ricevuto nel palazzo dei suoi avi una buona educazione e un'istruzione adatta al suo rango. La tesi secondo la quale Federico II si sarebbe aggirato per i vicoli e i mercati di Palermo, che gli avrebbero offerto molteplici stimoli in una sorta di autoformazione, è invece frutto della fantasia di autori moderni; ugualmente non è attendibile la notizia del Breve Chronicon de rebus Siculis, secondo la quale il giovane re avrebbe in questo periodo addirittura sofferto la fame, avrebbe vagato per le strade di Palermo ricevendo il sostentamento dai sudditi.
Il 26 dicembre 1208 Federico compì il quattordicesimo anno di età e uscì dalla tutela papale assumendo il potere nelle sue mani. Su consiglio del pontefice nell'agosto del 1209 sposò la venticinquenne Costanza d'Aragona, vedova del re d'Ungheria Emerico: Federico non aveva ancora compiuto quindici anni.
In Germania, nel frattempo, dopo la morte di Enrico VI nessuno era più riuscito a farsi incoronare imperatore. Due erano i rivali che puntavano al titolo imperiale vacante: il primo era appunto Filippo di Svevia, fratello minore di Enrico VI, che fu eletto re dai principi tedeschi nel 1198 e incoronato a Magonza; il secondo era Ottone di Brunswick, figlio minore del duca di Baviera e Sassonia Enrico il Leone, che fu eletto anch'egli re da alcuni principi tedeschi che si opponevano all'elezione dello Staufer e incoronato ad Aquisgrana. Ottone poteva contare sull'appoggio del re d'Inghilterra Giovanni I, che era suo zio, e di Innocenzo III, che voleva evitare di vedere uno svevo imperatore per scongiurare una rivendicazione di quest'ultimo del regno di Sicilia; Filippo, a sua volta, poteva contare sull'appoggio del re di Francia Filippo II Augusto. La situazione si risolse solo nel 1208 quando Filippo di Svevia fu assassinato per motivi personali e Ottone ebbe campo libero. Egli fece numerose concessioni al papato, in particolare la corona doveva rinunciare all'ingerenza nelle elezioni dei prelati e accettare senza limiti il diritto d'appello del pontefice negli affari ecclesiastici; inoltre si sarebbe posto fine ad abusi quali l'appropriazione delle rendite delle diocesi vacanti. Il 4 ottobre del 1209, a Roma, Innocenzo III incoronò imperatore Ottone IV. Nonostante le numerose promesse di Ottone IV, lo stesso imperatore, richiamandosi all'antiquum ius imperii, rivendicava il dominio sull'Italia intera; così egli sostò per circa un anno nell'Italia centrale, cosa che preoccupò non poco Innocenzo III che proprio in quei territori stava cercando di estendere lo Stato della Chiesa.
Dopo la scomunica papale e a causa dell'ostilità di Filippo Augusto di Francia, che incoraggiò la resistenza in Germania, la nobiltà, che aveva inizialmente appoggiato Filippo di Svevia e ora vedeva Ottone IV combattere proprio contro un Hohenstaufen, si ribellò all'imperatore, che fu costretto a tornare in Germania. I feudatari ribelli cercarono allora l'aiuto di Federico, proponendolo come candidato da contrapporre a Ottone IV; nel frattempo, in Sicilia, dove lo svevo era appena divenuto padre del suo primogenito Enrico, che neonato venne incoronato re di Sicilia come coreggente, si organizzò subito una rapida spedizione Oltralpe: partito a marzo del 1212 da Palermo, Federico giunse a Roma la domenica di Pasqua e prestò giuramento vassallatico al papa; a settembre entrò trionfalmente a Costanza, a ottobre indisse la sua prima dieta da re di Germania e a novembre stipulò gli accordi col futuro re di Francia Luigi VIII per combattere il rivale Ottone IV. Finalmente il 9 dicembre 1212 Federico veniva incoronato imperatore nel duomo di Magonza dal vescovo Sigfrido III di Eppstein, ma la sua effettiva sovranità doveva ancora essere sancita. Il 12 luglio 1213, con la cosiddetta "Bolla d'Oro" (o "promessa di Eger"), Federico promise di mantenere la separazione fra Impero e Regno di Sicilia (dominio del Pontefice) e di rinunciare ai diritti germanici in Italia (promessa già fatta da Ottone IV e mai mantenuta). Si impegnò inoltre a intraprendere presto una crociata in Terrasanta, nonostante non ci fosse stata un'esplicita richiesta in tal senso da parte del papa.
Federico II poté essere riconosciuto unico pretendente alla corona imperiale solo dopo il 27 luglio 1214 quando, nella battaglia di Bouvines, Filippo Augusto re di Francia, alleato di Federico, sbaragliò Ottone IV alleato degli inglesi. In Germania resistevano al dominio di Federico soltanto Colonia, la città più ricca e popolosa della Germania del tempo, i cui mercanti vantavano particolari diritti commerciali e di traffico con l'Inghilterra di Enrico II Plantageneto sin dal 1157, e Aquisgrana, dove erano conservate le spoglie di Carlo Magno. Aquisgrana cadde nel 1215 e Federico vi ricevette una seconda e splendida incoronazione (25 luglio 1215) che completò quella di Magonza. L'11 novembre 1215 venne aperto da Innocenzo III il IV Concilio Lateranense (XII universale) cui anche Federico partecipò.
Finché fu in vita il suo protettore Innocenzo III, Federico evitò di condurre una politica personale troppo pronunziata. Morto Innocenzo III e salito al soglio Onorio III (18 luglio 1216), papa di carattere molto diverso rispetto al suo predecessore, Federico fu incalzato dal nuovo pontefice a dare corso alla promessa di indire la crociata. Il sovrano tergiversò a lungo e nel 1220 fece nominare dalla Dieta di Francoforte, tenutasi nel medesimo anno, il figlio Enrico "re di Germania". Onorio III ritenne allora che l'unico modo per impegnare Federico fosse quello di nominarlo imperatore, cosicché il 22 novembre 1220 lo Svevo fu incoronato imperatore in San Pietro a Roma dallo stesso papa Onorio III.
Federico non diede peraltro alcun segnale di voler abdicare al Regno di Sicilia, pur mantenendo la ferma intenzione di tenere separate le due corone. Aveva anzi deciso di lasciare il Regno di Germania al figlio, conservando tuttavia, quale imperatore, la suprema autorità di controllo. Essendo stato educato in Sicilia è probabile che si sentisse più siciliano che tedesco, ma, soprattutto, egli conosceva bene le potenzialità del suo regno, con una fiorente agricoltura, città grandi e buoni porti, oltre alla straordinaria posizione strategica al centro del Mediterraneo.
Tornato nel 1220 in Sicilia, che aveva lasciato otto anni prima, Federico poté dedicarsi a consolidare le istituzioni nel Regno, indicendo due grandi assise a Capua e a Messina (1220-1221). In quelle occasioni stabilì, rivendicando quanto accaduto in passato, che ogni diritto regio confiscato precedentemente a vario titolo dai feudatari venisse immediatamente reintegrato al sovrano. Introdusse inoltre il diritto romano, nell'accezione giustinianea rielaborata dall'Università di Bologna su impulso di suo nonno il Barbarossa. A Napoli fondò l'Università nel 1224, dalla quale sarebbe uscito il ceto di funzionari in grado di servirlo, senza che i sudditi a lui fedeli dovessero recarsi fino a Bologna per studiare. Favorì anche l'antica e gloriosa scuola medica salernitana.
Il tentativo di Federico di accentrare l'amministrazione del Regno e ridurre il potere dei feudatari locali (soprattutto ordinando la distruzione delle fortificazioni che potessero rappresentare un potenziale pericolo per il potere centrale) incontrò molte resistenze nella parte continentale del regno, tra queste principalmente quella del conte di Bojano, Tommaso da Celano, la cui contea, unita con i possedimenti originali in Marsica, rappresentava il feudo di maggiore estensione del regno. Il conte Tommaso si rifiutò di smantellare i castelli come ordinato dallo svevo e organizzò la resistenza presso le fortificazioni di Ovindoli e Celano in Marsica, Civita di Bojano e Roccamandolfi in Molise, dove affrontò a partire dal 1220 la forza d'urto dell'esercito imperiale. Le prime tre città caddero nel giro del primo anno di guerra, mentre il castello di Roccamandolfi, dove il conte da Celano aveva lasciato alla guida della resistenza la moglie Giuditta, si arrese all'assedio nel 1223 dopo essere stato danneggiato ma non preso. Il castello del capoluogo della contea, Bojano, venne demanializzato e ricostruito; Ovindoli e Celano furono distrutte, Roccamandolfi dovette essere ricostruita più a valle lasciando il castello alla rovina; Tommaso da Celano, non avendo in seguito rispettato i termini della resa, fu espropriato della contea che cessò di essere la spina nel fianco nei possedimenti normanni di Federico.
Giunto a Melfi, l'imperatore, accolto calorosamente dalla popolazione locale, pernottò nel castello costruito dai suoi ascendenti normanni, cui apportò in seguito alcuni importanti restauri. Nella località melfitana (ma anche a Lagopesole, Palazzo San Gervasio e Monticchio), Federico II trascorse il suo tempo libero, dedicandosi alla caccia con il falcone, poiché le zone boschive del Vulture erano ideali per il suo passatempo preferito.
Nel castello di Melfi Federico II, con l'ausilio del suo fidato notaio Pier delle Vigne, emanò nel 1231 le Constitutiones Augustales (note anche come Costituzioni di Melfi o Liber Augustalis), codice legislativo del Regno di Sicilia, fondato sul diritto romano e su quello normanno delle Assise di Ariano, considerato tra le più grandi opere della storia del diritto per la sua importanza storica di recupero delle antiche leggi normanne, e di cui si sono conservati pochissimi documenti. Queste norme miravano a limitare i poteri e i privilegi delle locali famiglie nobiliari e dei prelati, facendo tornare il potere nelle mani dell'imperatore e a rendere partecipi anche le donne per quanto riguardava la successione dei feudi. Ne doveva nascere uno Stato centralizzato, burocratico e tendenzialmente livellatore, con caratteristiche che gli storici hanno reputato "moderne".
Negli anni seguenti Federico si dedicò a riordinare il Regno di Sicilia, eludendo le continue richieste del papa Onorio III di intraprendere la crociata. Per dilazionare ulteriormente il suo impegno, Federico stipulò col papa un trattato (Dieta di San Germano, nel luglio 1225), con il quale si impegnava a organizzare la crociata entro l'estate del 1227, pena la scomunica. In realtà il vero obiettivo di Federico era l'unione fra Regno di Sicilia e Impero, nonché l'estensione del potere imperiale all'Italia. In questo disegno rientrò il suo tentativo di recuperare all'impero la marca di Ancona e il ducato di Spoleto, rientranti nella sovranità papale. Inoltre in Sicilia procedette all'occupazione di cinque vescovadi con sede vacante, alla confisca dei beni ecclesiali e alla cacciata dei legati pontifici che si erano colà recati per la nomina dei vescovi, pretendendo di provvedere direttamente alle nomine. Il papa era molto adirato con Federico sia perché non aveva adempiuto ai patti di tenere separati Impero e Regno di Sicilia, sia perché non rispettava la libertà del clero nei suoi territori intromettendosi sistematicamente nell'elezione dei vescovi, sia, infine, perché non si decideva a partire per la crociata: durante la fallimentare crociata del 1217-1221 (la quinta) Federico si era ben guardato dal prestare assistenza ai crociati, avendo più a cuore la pace con il Sultano ayyubide d'Egitto al-Malik al-Kamil, i cui territori erano molto vicini alla Sicilia e con il quale manteneva buoni rapporti, con frequenti contatti diplomatici.
Nel frattempo, a causa delle mire di controllo sull'Italia da parte di Federico, era risorta nel nord Italia la Lega Lombarda: nell'aprile 1226 Federico convocò la Dieta di Cremona con il pretesto di preparare la crociata ed estirpare le dilaganti eresie, ma questa non poté avere luogo per l'opposizione della Lega Lombarda, che impedì l'accesso ai delegati, mentre Federico non aveva al nord forze sufficienti per contrastare i Comuni ribelli.
Il 9 settembre 1227, pressato dal successore di Onorio, papa Gregorio IX, molto più determinato contro l'imperatore e sotto la minaccia di scomunica, Federico tentò di onorare la promessa fatta al predecessore partendo per la sesta Crociata, ma una pestilenza scoppiata durante il viaggio in mare che falcidiò i crociati lo costrinse a rientrare a Otranto: lui stesso si ammalò e dovette ritirarsi a Pozzuoli per rimettersi in sesto. Gregorio IX interpretò questo comportamento come un pretesto e, conformemente al trattato di San Germano del 1225, lo scomunicò il 29 dello stesso mese nella cattedrale di Bitonto. A nulla valse una lettera di giustificazioni inviata al papa da Federico nel novembre e la scomunica fu confermata il 23 marzo 1228. Era evidente l'atteggiamento ostile del papa.
A questo punto, nella primavera 1228, Federico decise di partire per la Terrasanta, pur sapendo che durante la sua assenza il Papa avrebbe cercato di riunire tutti i suoi oppositori in Germania e in Sicilia, minacciando la Lombardia e il suo Regno Meridionale. Come riferito dal cronista Riccardo di San Germano, Federico celebrò a Barletta la Pasqua 1228 "in omni gaudio et exultatione" e ai primi di maggio del 1228, convocata sempre a Barletta un'assemblea pubblica, comunicò di persona le sue decisioni: nominò Rainaldo di Urslingen, già Duca di Spoleto, suo sostituto in Italia durante l'assenza; in caso di sua morte, nominò erede suo figlio Enrico re dei Romani e in seconda istanza il piccolo Corrado, nato pochi giorni prima ad Andria il 25 aprile da Jolanda di Brienne, che nel frattempo era morta in seguito al parto.
Quindi seppur scomunicato, partì da Brindisi il 28 giugno 1228 per la sesta Crociata. Federico ottenne un successo di un certo rilievo senza combattere una sola battaglia, ma grazie a un accordo diplomatico con il sultano ayyubide al-Malik al-Kamil, nipote di Saladino: Gerusalemme venne ceduta, peraltro ridotta senza mura e indifendibile, e con l'esclusione dell'area della moschea di Umar (ritenuta dai cristiani il Tempio di Salomone), che era un luogo santo musulmano. Questa soluzione aveva evitato i combattimenti e aveva sollevato Federico dall'incombenza della crociata, ma consegnava alla cristianità una vittoria effimera e in balia dei musulmani, anche se, formalmente, con importanti risultati territoriali e, soprattutto, con la riconquista di Gerusalemme. Il 18 marzo 1229, nella basilica del Santo Sepolcro, Federico si incoronò re di Gerusalemme (in quanto erede del trono per aver sposato nel 1225 Jolanda di Brienne, regina di Gerusalemme, nonostante l'opposizione del clero locale e di quasi tutti i feudatari).
Durante l'assenza di Federico, Rinaldo tentò di recuperare con le armi il ducato di Spoleto, mentre truppe germaniche scesero in difesa della Sicilia. Il Papa assoldò altre truppe per contrastarle, bandendo la paradossale crociata contro Federico II, e i territori di Federico subirono l'invasione delle medesime. Quando Federico ritornò in Italia dopo la crociata, trovò molte città che appoggiavano il Papa: riuscì ad avere ragione delle forze papali ma ritenne opportuno, per quel momento, riconciliarsi col pontefice e con la Pace di San Germano del 23 luglio 1230, promise di rinunciare alle violazioni che avevano determinato la scomunica, di restituire i beni sottratti ai monasteri e alle chiese e di riconoscere il vassallaggio della Sicilia al papa. D'altro canto il papa non poteva non tener conto dell'obiettivo ottenuto da Federico in Terra santa e il 28 agosto successivo ritirò la scomunica: il 1º settembre papa e imperatore si incontrarono ad Anagni.
Nella diatriba fra papa e imperatore intanto si erano inserite le città della Lega Lombarda ed era ripresa la secolare divisione fra guelfi e ghibellini. Nel 1231 Federico convocò una Dieta a Ravenna nella quale fece riaffermare l'autorità imperiale sui Comuni, ma ciò ebbe poca influenza sugli eventi successivi.
Nel periodo di pace e distensione che seguì gli eventi precedenti, Federico volle sistemare alcune questioni giuridiche nei suoi regni, con particolare riguardo a quello siciliano. Il rinnovato accordo fra il papa e Federico venne utile a quest'ultimo allorché nel 1234 suo figlio Enrico si ribellò al padre: rivoltosi al papa, Federico ottenne la scomunica contro il figlio, lo fece arrestare e lo tenne prigioniero fino alla morte, avvenuta nel 1242. Alla corona tedesca venne allora associato l'altro figlio Corrado IV (che non riuscì neppure lui a governare in pace per l'opposizione dei nobili che gli contrapposero bellicosamente alcuni anti-re).
Nel maggio dello stesso anno alcuni violenti tumulti, organizzati in Roma dal Senatore di Roma Luca Savelli e da varie famiglie ghibelline ostili a Gregorio IX, costrinsero quest'ultimo a fuggire in Umbria. Federico, cui faceva molto comodo politicamente apparire come il difensore della Chiesa, accorse in armi e si unì, a Montefiascone nell'agosto del 1234, alle milizie pontificie guidate dal cardinale Raniero Capocci. I due eserciti sconfissero alla fine l'armata dei romani, ma l'atteggiamento ambiguo tenuto dall'imperatore in questa circostanza gli alienò definitivamente le simpatie del Capocci, che divenne da quel momento un suo mortale nemico.
Il sovrano svevo in effetti non era mai venuto meno ai suoi propositi di sottomettere l'Italia all'impero germanico, favorendo l'instaurarsi di signorie ghibelline a lui amiche (la più potente fu quella dei Da Romano che governava su Padova, Vicenza, Verona e Treviso). Nel novembre 1237 Federico colse una notevole vittoria sulla Lega Lombarda a Cortenuova, conquistando il Carroccio che inviò in omaggio al papa. L'anno successivo il figlio Enzio sposò Adelasia di Torres, vedova di Ubaldo Visconti, giudice di Torres e Gallura e Federico lo nominò Re di Sardegna. Ciò non poteva essere accettato dal papa, visto che la Sardegna era stata promessa in successione al papa dalla stessa Adelasia. Alle rimostranze del pontefice, Federico rispose nel marzo 1239 tentando di sollevargli contro la curia, ma il papa scagliò subito contro di lui la scomunica durante la settimana santa, indicendo successivamente un concilio a Roma per la Pasqua del 1241. Federico, per impedire lo svolgimento del Concilio che avrebbe confermato solennemente la sua scomunica, bloccò le vie di terra per Roma e fece catturare due cardinali e molti prelati, in viaggio per mare con navi della flotta genovese, da navi della flotta pisana guidate dal figlio Enzio, con una battaglia navale avvenuta presso l'isola del Giglio (3 maggio 1241). Le truppe imperiali giunsero alle porte di Roma, ma il 22 agosto 1241 l'anziano papa Gregorio IX morì e Federico, dichiarando diplomaticamente che lui combatteva il papa ma non la Chiesa si ritirò in Sicilia.
Dopo la morte di Gregorio IX, venne eletto papa Goffredo Castiglioni, che prese il nome di Celestino IV, ma che morì dopo soli diciassette giorni di pontificato. I molti ecclesiastici ancora prigionieri di Federico e l'incombente minaccia delle sue truppe alle porte di Roma provocarono una vacanza al soglio pontificio di un anno e mezzo, periodo durante il quale si svolsero frenetiche trattative. Infine l'elezione papale si tenne ad Anagni e fu eletto, il 25 giugno 1243, il genovese Sinibaldo Fieschi che prese il nome pontificale di Innocenzo IV. Innocenzo tentò inizialmente di trovare un accordo con Federico, ma la rivolta scoppiata in quei mesi contro l'imperatore in Viterbo, preparata e portata avanti dal cardinale Capocci e che si concluse con una clamorosa sconfitta dell'esercito imperiale, costrinse il sovrano svevo a trovare un'intesa con il papa, suo malgrado. Il 31 marzo 1244 fu stilata in Laterano una bozza di accordo fra Federico e Innocenzo IV che prevedeva, in cambio del ritiro della scomunica, la restituzione di tutte le terre pontificie occupate dall'imperatore. L'accordo peraltro non fu mai ratificato. Tra il 1243 e il 1246 Federico II trascorse le stagioni invernali a Grosseto, approfittando del clima mite e delle aree umide attorno alla città per praticare la caccia, suo passatempo preferito.
In quegli stessi decenni, circolarono in Italia diverse opere di impronta apocalittica, che attribuivano a Federico un ruolo di protagonista nella riforma della Chiesa. In particolare, il commento al profeta Geremia Super Hieremiam (attribuito pseudoepigraficamente a Gioacchino da Fiore ma prodotto forse entro ambigui ambienti cistercensi o florensi e rielaborato e aggiornato entro ambienti, egualmente poco affidabili, di francescani rigoristi) riconosceva a Federico II un ruolo incredibilmente e paradossalmente provvidenziale, proprio in quanto atteso persecutore apocalittico della Chiesa corrotta e in special modo dei cardinali.
Papa Innocenzo IV decise di indire un Concilio per confermare la scomunica a Federico e far nominare un altro imperatore, rivolgendosi ai suoi nemici che in Germania erano numerosi. Giunto a Lione svolse un'intensa attività diplomatica presso i nobili tedeschi e indisse un Concilio che si aprì il 28 giugno 1245. Inoltre, durante il concilio, il cardinale Raniero Capocci, acerrimo nemico dell'imperatore che voleva allontanare ogni possibilità di accordo, fece circolare nella città francese due libelli da lui ispirati nei quali Federico veniva dipinto come un eretico e un anticristo. Da notare che Lione, sebbene formalmente in Borgogna, quindi di proprietà dell'imperatore, era fuori dal tiro del sovrano svevo ed era sotto la protezione del re di Francia.
Il concilio non solo confermò la scomunica a Federico, ma addirittura lo depose, sciogliendo sudditi e vassalli dall'obbligo di fedeltà, e invitò i nobili elettori tedeschi a proclamare un altro imperatore, bandendo contro Federico una nuova crociata. Non tutta la Cristianità però accettò quanto deliberato nel concilio, che si era tenuto in condizioni non troppo chiare. Il papa aveva finto fino all'ultimo di voler patteggiare con Federico e molti si domandarono se fosse giusto un provvedimento così grave contro l'imperatore in un momento in cui nuove minacce si affacciavano all'orizzonte (l'offensiva mongola).
L'imperatore subì il gravissimo colpo che ne appannò il prestigio e dal 1245 gli eventi iniziarono a precipitare. Gli Elettori tedeschi trovarono il nuovo imperatore (in realtà "re di Roma", titolo che preludeva alla nomina di imperatore) in Enrico Raspe, margravio di Turingia, che il 5 agosto 1246 sconfisse nella battaglia di Nidda il figlio di Federico, Corrado. Tuttavia, l'anno successivo, Enrico Raspe morì.
Nel febbraio del 1248 Federico subì una grave sconfitta nella battaglia di Parma ad opera di Gregorio da Montelongo. Dopo un assedio durato oltre sei mesi i parmigiani, approfittando dell'assenza dell'imperatore che era andato a caccia nella valle del Taro, uscirono dalla città e attaccarono le truppe imperiali, distruggendo la città-accampamento di Vittoria. L'imperatore riuscì a stento a rifugiarsi a San Donnino, da dove raggiunse poi la fedele alleata Cremona. L'anno seguente il figlio Enzio, battuto nella battaglia di Fossalta, fu catturato dai bolognesi che lo tennero prigioniero fino alla morte (1272). Poco dopo Federico subì il tradimento di uno dei suoi più fidati consiglieri, Pier delle Vigne (rievocato da Dante Alighieri nel tredicesimo canto dell'Inferno).
La vittoria militare del figlio Corrado sul successore di Raspe, Guglielmo II d'Olanda avvenuta nel 1250, non portò alcun vantaggio per Federico, il quale nel dicembre dello stesso anno morì a causa di un attacco di dissenteria. Nel suo testamento nominava suo successore il figlio Corrado, ma il papa non solo non riconobbe il testamento ma scomunicò pure Corrado (che morì quattro anni dopo di malaria, nel vano tentativo di ricuperare a sé il Regno di Sicilia).
Federico cadde vittima di una grave patologia addominale, forse dovuta a malattie trascurate, durante un soggiorno in Puglia; secondo Guido Bonatti, invece, sarebbe stato avvelenato. Egli, difatti, qualche tempo prima aveva scoperto un complotto, in cui fu coinvolto lo stesso medico di corte. Comunque, le sue condizioni apparvero immediatamente di tale gravità che si rinunciò a portarlo nel più fornito Palatium di Lucera e la corte dovette riparare nella domus di Fiorentino, un borgo fortificato nell'agro dell'odierna Torremaggiore, non lontano dalla sede imperiale di Foggia.
Leggenda vuole che a Federico fosse stata predetta dall'astrologo di corte, Michele Scoto, la morte sub flore, ragione per la quale pare egli abbia sempre evitato di recarsi a Firenze. Allorché fu informato del nome del borgo in cui infermo era stato condotto per le cure necessarie, Castel Fiorentino per l'appunto, Federico, comprese e accettò la prossimità della fine.
Stando al racconto del cronista inglese Matthew Paris († 1259) – non confermato però da altre fonti – l'imperatore, sentendosi in punto di morte, volle indossare l'abito cistercense e dettare così le sue ultime volontà nelle poche ore di lucidità. Il testamento, dettato alla presenza dei massimi rappresentanti dell'Impero, reca la data del 17 dicembre 1250. La sua fine fu rapida e sorprese i contemporanei, tanto che alcuni cronisti anti-imperiali diedero adito alla voce, storicamente infondata, secondo cui l'imperatore era stato ucciso da Manfredi, il figlio illegittimo che in effetti gli successe in Sicilia. Una nota miniatura raffigura persino il principe mentre soffoca col cuscino il padre morente.
La salma di Federico fu sommariamente imbalsamata, i funerali si svolsero nella sede imperiale di Foggia, per sua espressa volontà il cuore venne deposto in un'urna collocata nel Duomo, la sua salma omaggiata dalla presenza di moltitudini di sudditi venne esposta per qualche giorno e trasportata poi a Palermo, per essere tumulata in Cattedrale, entro il sepolcro di porfido rosso antico, come voleva la tradizione normanno-sveva, accanto alla madre Costanza, al padre Enrico VI e al nonno Ruggero II.
Recentemente il sepolcro è stato riaperto. Federico giace sul fondo sotto altre due spoglie (quelle del padre Enrico VI e della madre Costanza d'Altavilla). La tomba era stata già ispezionata nel tardo XVIII secolo: il corpo, nel Settecento, era mummificato e in buone condizioni di conservazione; ne risulta che l'imperatore sia stato inumato con il globo dorato, la spada, calzari di seta, una dalmatica ricamata con iscrizioni cufiche e una corona a cuffia.
La tomba imperiale custodita nella Cattedrale era destinata in origine al nonno Ruggero II che l'aveva voluta come suo sarcofago per il Duomo di Cefalù. Il sepolcro inoltre reca i simboli dei quattro evangelisti e la corona regia.