RE DI PUGLIA E DI SICILIA
1556 - 1598: Filippo I. (figlio di Carlo IV.), Filippo II. di Spagna e Filippo I. delle Sicilie
1598 - 1621: Filippo II. (figlio di Filippo I.), Filippo III. di Spagna e Filippo II. delle Sicilie
1665 - 1700: Carlo II. d'Asburgo, Carlo V di Napoli e Carlo III. delle Sicilie
Viceré di Napoli
Nei primi anni del XVI secolo, a causa delle Guerre d'Italia (1494-1557), il Regno di Napoli perse la sua indipendenza e fu sottoposto, fino al 1734, a diverse potenze straniere (Spagna fino al 1707 e Austria fino al 1734) che ne affidavano il governo ad un viceré.
Viceré francesi (1501-1504)
Durante il regno di Federico I il regno fu invaso da Luigi XII di Francia. Il sovrano francese, che rivendicava il trono di Napoli in qualità di discendente degli Angioini, adottò nel 1501 il titolo di Rex Neapolis.
Viceré spagnoli (1503-1707)
Ferdinando II d'Aragona detto il Cattolico, imparentato con Federico I, invase a sua volta il regno. La guerra tra le due potenze si concluse nel 1503 con la vittoria spagnola nella Battaglia del Garigliano. Gonzalo Fernández de Córdoba, comandante delle forze spagnole, entrò a Napoli il 14 maggio e fu il primo viceré spagnolo della città. Da questo momento il Regno di Napoli entrò a far parte dei possedimenti della Corona d'Aragona.
Il viceré veniva nominato dal Consiglio di Stato, presieduto dal Re, su proposta del Supremo Consiglio d'Italia (fino al 1556 del Supremo e Reale Consiglio di Aragona). Nel periodo in cui era impegnato in campagne militari, in affari diplomatici, o in altri importanti uffici di Stato, il viceré veniva sostituito da un luogotenente generale da lui stesso nominato.
Viceré austriaci (1707-1734)
Nel 1707, durante la guerra di successione spagnola, la città fu occupata dalle truppe austriache. Il Regno di Napoli divenne però ufficialmente parte dei domini asburgici solo con il Trattato di Utrecht che pose fine alla guerra nel 1713, quando l'imperatore del Sacro Romano Impero, Carlo VI d'Asburgo, assunse il titolo di Re di Napoli.
Il passaggio della città dal viceregno spagnolo a quello austriaco avvenne come un semplice avvicendamento: il 7 luglio 1707 Georg Adam von Martinitz, primo viceré austriaco venuto al seguito dell'esercito imperiale, prese possesso del Palazzo Reale, sede del governo, che fino al giorno prima aveva ospitato l'ultimo viceré spagnolo.
Viceré nominati da Carlo di Borbone (1735 e 1744)
Il vicereame austriaco terminò nel 1734 a causa della guerra di successione polacca, quando don Carlo di Borbone, figlio di Filippo V di Spagna e di Elisabetta Farnese, conquistò il regno e gli restituì l'originaria indipendenza, fondando la dinastia dei Borbone di Napoli.